Enquanto Srila Visvanatha Cakravarti Thakura estava em SriVrndavan Dhama, houve um leve declínio na influência dos seis Gosvamis e uma controvérsia surgia a respeito da doutrina Svakiavada (amor conjugal) e Parakiyavada (amor entre amantes). A fim de dissipar as concepções erradas a respeito de Svakmavada, Srila Visvanatha Cakravarti Thakura escreveu dois livros, chamados Paga-Vartma-Candrika e Gopi-Premamrta, os quais são repletos de maravilhosas conclusões Sástricas. Depois disto, em seu comentário Ananda-Candrika sobre o Laghutvam Atra, verso do Ujjvala-Nilamani (1:21), ele usou a evidência Sástrica e argumentos irrefutáveis para contestar completamente a teoria Svakiyavada e para estabelecer a concepção de Parakiyavada. Ele (usou) também um forte suporte para Parakiya-Bhava em seu comentário Saratha-Darsini sobre o Srimad-Bhagavatam.
É dito que havia alguns Panditas que eram contrários a adoração no humor Parakiya de Srila Visvanatha Cakravarti Thakura. Incapazes de derrotar sua erudição e poderosos argumentos, eles resolveram assassiná-lo. Srila Visvanatha Cakravarti Thakura tinha o costume de ir de madrugada para fazer o Parikrama de Sri Vrndavana Dhama e os Panditas arquitetaram um plano para matá-lo naquela hora em algum bosque denso e escuro.
Visvanatha Cakravarti Thakura foi ao bosque onde seus adversários estavam esperando, mas quando eles olharam em sua direção, viram que ele tinha desaparecido. No seu lugar eles viram uma linda jovem garota Vrajavasi colhendo flores com dois ou três amigos. Os Panditas perguntaram à garota, "Querida criança! Um grande bhakta chegou apenas a um momento atrás. Aconteceu de você tê-lo visto? Você sabe para onde ele foi?" A garota falou, "Eu o vi, mas não sei para onde ele foi".
Os Panditas ficaram cativados pela beleza estonteante da garota, seu brilho lateral, sua maneira delicadamente feminina, e seu sorriso gentil. Toda a impureza de suas mentes foi subjugada, e seus corações amolecidos. Eles suplicaram a garota para se apresentar e ela falou, "Eu sou uma criada de Svamini Srimati Radhika. No momento ela está na casa de sua sogra em Yavata e ela mandou-me colher flores". Tendo dito isto ela desapareceu e no seu lugar os Panditas viram Srila Visvanatha Cakravarti Thakura novamente. Eles se lançaram aos pés dele e imploraram para que ele os perdoasse, e ele os concedeu.
A vida de Sri Cakravarti Thakura é repleta de eventos incríveis. É muito importante para os Gaudiya Vaisnavas o fato de ele ter refutado a teoria Svakiya-Vada e estabelecesse a verdade da Parakiya pura, não só para proteger a integridade da Sri Gaudiya Vaisnava Dharma, mas também por restabelecer sua influência em Sri Vrindavana.
Qualquer um que avaliar entre realização certamente será golpeado com espantos (maravilhas) por causa de sua incomum genialidade. A Gaudiya Vaisnava Acaryas compôs o seguimento sloka em louvor ao seu extraordinário trabalho:
Visvasya Natharupa Sau Bhakti Vartma Pradarsanat
Bhakta-Cakre Varttitatvat Cakravarty Akhyaya Bhavat
"Ele é conhecido pelo nome Visvanatha, o Senhor do universo, porque ele aponta a vereda de Bhakti e ele é também chamado Cakravarti (aquele que dá volta em círculos ou muda a assembléia) por que ele sempre permanece na assembléia (Cakra) dos Suddhas Bhakti".
Quando Srila Visvanatha Cakravarti Thakura estava próximo dos cem anos, ele entrou na Aprakata(imanifesto) Vrndavana no Sri Radha-Kunda enquanto estava absorvido no estado interno de transcendência. Isto tomou lugar no quinto dia da fase clara da lua no mês de Magha (janeiro, fevereiro) no ano de 1676 Sakabda. Seu Samadhi pode ser encontrado hoje bem perto do templo de Sri Gokulananda em Sri Dhama Vrndavan.
